국가권력에 의한 인권침해에는 우리나라 특유의 과거사에서 발생한 국가기관을 이용한 政治權力集團에 희한 인권침해라 볼 수 있는데 여기에는 故 최종길 교수 의문사 사건, 故 박종철 고문치사 사건, 1980년대 신군부세력에 의한 5.18 광주민주화운동에서의 민간인 학살사건, 그리고 최근에 부각되고 있는 옛 안기부 및 국정원의 도청사건을 들 수 있고, 아울러 정치세력과는 무관하게 관료화된 국가기관에 의한 인권침해의 유형으로 나누어 볼 수 있다. 국가기관에 의한 인권침해는 엄연히 국민을 보호해야 할 국가가 오히려 보호의 객체인 국민을 대상으로 하여 저질러진 불법적인 人權侵害라 볼 수 있다. 국민의 人權은 헌법상 基本權으로서 인간의 존엄과 가치에 기하여 보장되게 되는데, 국가가 오히려 국민인 인간의 존엄과 가치를 적극적으로 침해하였거나, 침해하였다고 의심되는 행위를 하고 이를 엄폐한 행위는 일차적으로는 반드시 규명되어야 할 것이며, 이를 바탕으로 구체적인 가해자의 형사처벌과 아울러 피해자의 민사적 구제가 수분되어야 할 것이다. 이러한 절차의 이행은 국가의 의무인 동시에 국가의 존립가치로서 비단 인권침해를 당한 피해자만의 문제가 아닌 잠재적 피해자라 할 수 있는 국민전체에 대한 국가의 인권침해의 문제로서 재발방지를 위한 필요적 조건이라 볼 수 있다. 그러나 문제는 대개의 政治權力集團이 國家機關을 이용하여 자행한 중대한 인권침해로서의 불법행위가 刑事責任에 있어서는 公訴時效와 民事責任에서는 消滅時效의 完成으로 사실상 피해자의 권리구제가 불가능하게 되었다라는 점이다. 다시 말해서 민사적인 손해배상책임 측면에서는 개별적 사안에 따라 제정된 특별법, 예를 들어 의문사법, 민주화보상법, 광주민주화관련자보상법 등의 개별적 특별법에 의한 피해보상이 우선적으로 고려되지만 이러한 개별적 특별법에 기하여 보상받지 못하는 국가기관에 의한 반인권적 침해행위에 대해서는 국가배상법 제2조에 기하여 국가배상책임이 인정되게 되고, 이러한 경우에 대개는 3년 또는 5년의 소멸시효에 걸리게 되었다라는 점이다. 이러한 문제하에서 제안될 수 있는 것이 형사책임과 관련해서는 생명권의 박탈이라는 인간의 존엄성을 심히 손상한 국가기관의 중대한 범죄에 대해서는 본질적으로 형사상의 공소시효가 배제되어야 할 것이다. 아울러 國家賠償法에 기한 國家의 損害賠償責任 내지 가해 공무원의 개별적인 國法上의 不法行爲責任에서 소명시효의 배제가 되입되어야 할 것이다. 그런데 이러한 민사상의 소멸시효제도의 배제의 효율적인 법제도적 보장을 담보하기 위해선 특별법의 입법이 이루어져야 할 것으로 보인다. 물론 국가에 의한 중대한 인권침해의 사안에 대해서 일차적으로 국가는 소멸시효의 항변을 원용하지 않음이 기대되고, 만약 피고인 국가에 의한 소멸시효의 항변이 주장되면 이차적으로 法院은 이를 權利濫用으로 판단할 것이 기대되지만 이러한 기대가 충족되지 않은 것이 지금까지의 현실이었다. 그러므로 결국 입법적인 조치로서 국가배상법 규정자체에 국가기관에 의한 중대한 인권침해사안에 대한 소멸시효 배제규정을 두거나 (당해 불법행위 공무원에 대해서는 민법전에 시효배제의 규정을 두는 방안이다) 아니면 국가배상법에 대한 특별법을 새로이 입법화하는 것이다.
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