2008년의 정연주 KBS 사장 해임 사건은 배경과 적법성 여부에 대하여 다양한 논의가 있었지만, 그 바탕에는 KBS가 부담했어야 할 금액보다 더 많은 법인세를 부담하기로 하고 국세청과 합의했는지 여부가 핵심적인 전제이다. 즉, 법인세법에서는 비영리법인의 납세의무의 범위를 일반적인 영리법인과는 다르게 규정하고 있는데 비영리법인인 KBS가 합의한 법인세 부담액이 동(同)규정에 따른 적정한 금액이었는지에 대한 검토가 필요하다. 비록 불완전하지만 본 연구에서 판결문 등을 통해 수집한 KBS의 구체적인 사실관계를 바탕으로 비영리법인의 납세의무와 관련한 법령을 검토한 후 적용하면 국세청과 합의하기 전의 서울행정법원의 판결 내용에 따라 추계로 법인세 과세표준과 세액을 경정할 경우에는 KBS는 국세청이 주장하는 정당한 세액보다 더 큰 법인세액을 부담해야 하는 등 불리한 상황에 처하게 되기 때문에, 적어도 동(同)판결 내용에 따라 판단하면 국세청과의 합의가 정연주 사장에 대한 해임 사유와 같이 회사에 손실을 초래하지는 않은 것으로 보인다. 비영리법인의 납세의무와 관련한 법령과 KBS의 사례는 동(同)법인들의 납세의무의 범위를 구체적으로 적용할 경우 발생할 수 있는 법률해석의 문제점과 동(同)법인들의 공익적 활동을 적극적으로 유도하기 위한 합리적인 과세제도의 시행의 필요성을 보여주고 있다. 본 연구에서 이러한 문제점을 보완하고 필요성에 부응하기 위해 제시한 가능한 대안들은 아래와 같다. 첫째, 지나치게 넓고 포괄적인 비영리법인의 수익사업의 범위를 계속적이고 반복적인 성격의 사업소득으로 한정하거나 법인세법상 열거된 사업(positive system) 대신 정관에 정한 목적사업 외의 사업으로(negative system) 규정한 후 수익사업만을 대상으로 작성한 재무제표(수익사업 재무제표)와 동(同)재무제표를 바탕으로 한 세무조정계산서를 신고서에 첨부하도록 한다. 둘째, 수익사업 재무제표는 영리법인과 같이 기업회계기준에 따라 작성한 후 공인회계사의 외부감사를 받도록 하고 전체사업을 대상으로 작성한 재무제표(전체사업 재무제표)는 비영리법인에게 공통으로 적용할 수 있는 회계기준을 제정한 후 동(同)회계기준에 따라 작성하도록 한다. 마지막으로, 개별 비영리법인의 특성을 반영한 회계관리제도를 채택한 후에 내부회계관리규정과 내부회계관리제도를 갖추어야 하는 대상에 비영리법인을 포함시켜서 수익사업 재무제표의 감사업무를 수행하는 감사인이 동(同)제도의 운영실태에 관한 보고내용을 검토하도록 한다.
Former KBS CEO’s dismissal case arose from controversy on whether KBS agreed on a compromise with the National Tax Service (“NTS” hereafter) to pay more taxes than KBS is legally liable under corporate taxation on non－profit corporations. Based on thorough analysis of the case, this study proved that the compromise between KBS and NTS did not bring unnecessary financial loss at KBS as the CEO was accused of. Furthermore, this study suggests practical plans to revise tax laws to help effectively operate non－profit corporations without tax friction as follows. First, wide and comprehensive scope of taxable incomes from profit－making businesses of non －profit corporations should be confined to recurring incomes or defined under negative system, which should be followed by reporting partial financial statements and tax reconciliation for profitmaking businesses. Second, the partial financial statements for profit－making businesses should be made under the generally accepted financial principles and externally audited, and comprehensive financial statements for whole businesses should also be made under reasonable accounting principles commonly applied to all types of non－profit corporations. Last, non－profit corporations should be equipped with internal accounting control system, as profit corporations are enforced, for external auditors to review and evaluate their accounting system conveniently so as to guarantee their accounting transparency.
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