꽃게, Portunus trituberculatus (Miers)의 탈피 과정 중 유전자 발현패턴

Gene Expression Pattern in Blue Crab, Portunus trituberculatus(Miers) during Molting Stages

본 연구는 꽃게의 탈피 과정 중 유전자 발현패턴을 분석하고자 수행되었다. 디지털 경도계를 이용해 3개의 그룹(부드러움, 중간, 딱딱함)으로 구분한 꽃게로부터 Trizol 용액을 이용해 total RNAs를 추출하였다. NCBI 유전자 데이터베이스에서 14,370개의 EST클론 중 탈피관련 유전자를 BLAST로 스크리닝한 13,504개의 유전자는 마이크로레이 판에 60mer oligonucleotide 형태로 이식되었다. 마이크로어레이 결과 이미지는 스캔하여 정량화하였고, 데이터는 LOWESS nomalization으로 보정하여, 3개의 샘플 데이터는 서로 비교하여 탈피 과정 중 유전자 발현패턴을 확인하였다. 그 결과, 부드러운 개체에서 chitin binding peritrophin-a domain, antibicrobial peptide hyastatin, arasin-like protein의 유전자 발현이 증가하였고, c-type lectin domain family 2 member alike, prophenoloxidase activating factor, hemocyte transglutaminase의 유전자 발현이 감소하였다. 또한, 경도에 따라 cuticle constructing protein의 유전자 발현 변화와 탈피 과정 중 면역시스템 활성이 확인되었다.

This study was carried out to investigated the gene expression pattern of blue crab during molting stages. Three types (soft, medium, hard shells) of blue crabs were divided by using digital durometer. Total RNAs were isolated using Trizol solution from the blue crabs. 14,370 EST clones in the NCBI gene database were screened using BLAST for molting, and then the selected probes (13,504 genes) were prepared for microarray plate consisting of 60mer oligonucleotide. After a series of processing on microarray, the resultant images were scanned and quantified. The data were calibrated by using LOWESS nomalization, and the three data were compared one another for gene expression pattern in blue crab during molting stages. The result showed that increased expressed genes were chitin binding peritrophin-a domain, antibicrobial peptide hyastatin, and arasin-like protein in the softened individuals, while decreased expressed genes were c-type lectin domain family 2 member a-like, prophenoloxidase activating factor, and hemocyte transglutaminase. Moreover, it was confirmed of gene expression changes on cuticle constructing protein depending on the hardness, and immune system activation during molting stages.