정부출연 연구기관의 과세제도 개선방안

Policy Suggestions on the Taxation System of Government-Funded Research Institutions

[연구목적] 정부출연 연구기관은 정부에서 예산을 받아 운영하는 기타공공기관의 범주에 속해 있다. 그러나 최근 들어 정부출연 연구기관들과 과세관청 간의 조세불복 소송이 지속적으로 발생하고 있어 많은 행정력이 낭비되고 있다. 따라서 이 연구에서는 정부출연 연구기관과 과세관청 간의 마찰 원인을 파악하여 공익법인에 적용 가능한 올바른 과세 제도를 정립하기 위함을 목적으로 한다. [연구방법] 이 연구에서는 정부출연 연구기관의 과세 제도에 대하여 살펴본 후 과세관청과의 마찰 원인을 파악하였다. 그리고 정부출연 연구기관의 과세체계에 대한 대안을 제시하기 위해 해당 분야 회계 실무담당들에게 설문지를 통해 실태조사를 실시하였다. 실태조사를 통해 과세 관청과 마찰의 원인인 되는 부가가치세, 법인세, 개인소득세에 대하여 문제점을 도출하고 각각의 문제에 대하여 개선방안을 제시하였다. [연구결과] 정부출연 연구기관의 과세관청과의 마찰을 줄이고 올바른 과세제도를 정립하기 위해서는 지식재산권 이전에 관한 부가가치세 면제, 공익법인의 수익사업에 대한 안분기준 명확화, 위탁연구사업에 대한 부가가치세 면세, 그리고 정부출연 연구기관의 종사자에 대한 연구활동비 전면 비과세를 도입해야 한다는 연구 결과를 도출하였다. [연구의 시사점] 이 연구를 통해 향후 정부출연 연구기관 뿐만 아니라 비슷한 공익목적을 가지고 설립된 공익법인의 과세제도를 정립하는데 기여할 것으로 생각된다. 그러나 이 연구는 과학기술계 정부출연 연구기관만을 대상으로만 실태조사가 이뤄져 다른 분야에 소속된 공익법인들의 특성을 반영하지 못하는 한계점을 가지고 있다.

[Purpose] Government-funded research institutions fall under the category of other public institutions that receive and operate the government budget. However, in recent years, tax dispute lawsuits between government-funded research institutes and taxpayers have continued to occur, wasting a lot of administrative power. The purpose of this study is to identify the causes of friction between government-funded research institutes and tax authorities and to establish a proper taxation system applicable to public benefit corporations. [Methodology] In this study, we examined the taxation system of government -funded research institutes and identified the cause of friction with the tax office. In order to propose alternatives to the taxation system of government-funded research institutes, questionnaires were conducted to the accounting practitioners in the field. We investigate the problems of taxation, corporation tax and personal income tax which are the causes of friction with the tax office. [Findings] In order to reduce the friction with the taxation offices of government-funded research institutes and establish the correct taxation system, it is necessary to exempt the VAT on the transfer of intellectual property rights, The study results suggest that the full tax exemption should be introduced. [Implications] Through this research, it is thought that it will contribute to establish the taxation system of the public interest corporation established with the similar public interest purpose as well as the government-sponsored research institute. However, this research is limited only to research institutes of government-funded research institutes of science and technology, and it does not reflect characteristics of public corporations belonging to other fields.