현재 진행되고 있는 수준별 수업에서 교사들이 직면한 가장 큰 문제 중의 하나는 평가이다. 수준별 수업을 실시하고 있는 대부분의 학교에서 학생들은 수준별로 다르게 배운 내용을 동일한 평가 문항으로 평가받고 있다. 이는 곧 수업과 평가의 불일치를 의미하며, 이러한 불일치는 심화반 학생에게는 심화내용에 대한 학습의욕을 저하시키며, 보충반 학생에게는 보충내용에 대한 학습의욕을 저하시키게 된다. 따라서 평가이 문제가 해결되지 않고서는 수준별 수업이 원래 도입된 의도, 즉 모든 학생들에게 자신의 수준에 맞는 내용을 제공해주어 교육의 수월성을 추구하고자 하는 의도를 충실히 실현할 수 없게 될 것이다. 왜 수준별 수업에서 가르치는 내용과 일치하는 평가를 실행할 수 없는가? 이는 차상급 학교나 기타 학생 선발과 밀접히 관련되어 있다. 즉 평가의 중요성이 교육적인 측면에서 이해되기보다는 사회적 선발이라는 사회적 측면에서 이해되기 때문이다. 달리 말하면, 우리 학교에서 평가의 사회적 기능이 교육적 기능보다 더 우위에 있다고 말할 수 있다. 수준별 수업은 학생들간에 존재하는 개인차를 인정하고, 각 개인의 학업성취 수준에 맞는 교육을 제공해주어, 각 개인의 잠재능력을 최대한 실현시켜주자는 교육적 취지에서 비롯되었다. 따라서 수준별 수업에서 평가도 기본적으로 사회적 선발보다는 교 육적 목적에 충실하게 이루어질 필요가 있다.