수준별 교수·학습 결과의 평가는 많은 문제를 야기시켰다. 수준별 학습 결과의 평가 자료 즉 지문 문항 답지의 내용을 기본반 학습 자료를 활용할 것인가가 문제였다. 이런 문제의 대안으로써, 첫째로 기본반과 심화반의 학습 자료를 반씩 활용하는 경우이고, 둘째로 기본반과 심화반의 학습 자료에서 공통 부분만을 활용하는 경우이다. 전자는 심화반보다 기본반 학생에게 매우 불리하고, 후자는 주요 학습 내용이 제외되는 경우가 발생하였다. 그래서 평가 자료는 주로 교과서 내용을 활용하고 주요 학습 내용을 응용할 수 있는 것은 기본반과 심화반 학생 모두에게 불리하지 않는, 교과서 밖의 자료를 활용하였다. 수준별 교육과정의 운영은 국가 사회나 개인의 자아 실현의 측면에서 필연적인 요구이다. 왜냐하면 개인의 다양한 적성, 소질, 능력, 진로에 적절한 학습을 하게 함으로써, 그 특성과 능력의 계발과 신장을 극대화시키려는 것이 교육의 궁긍적인 목표이기 때문이다. 이 제도의 정착과 발전의 첫 단계는 교사와 학생이 이에 대한 확고한 신념을 가지는 것이고, 둘째 단계는 수준별 교재 개발과 학습 방법에 대한 교사의 연구와 노력이며 이 제도에 적응하기 위한 학생의 학습 방법과 태도의 훈련이다. 이 제도 운영의 열쇠는 교사와 학생의 신념과 노력이라고 본다.