국가 대중교통시설인 내항여객선은 철도, 항공, 여객자동차에 비하여 안전운항관리 방해행위에 대한처벌규정이 제대로 마련되어 있지 않다. 여객선분야 여객금지행위 처벌규정이 항공이나 철도분야와 비교하였을 때 유사한 위반행위에 대하여 상대적으로 가볍게 처벌하고 있음을 고찰하였다. 이 논문에서는 먼저 여객금지행위, 시설보호 및 질서유지 관련 처벌규정, 직무상 지시 불이행, 직무집행관련 범법행위 처벌규정 등 교통분야별 안전운항(운행)관리 방해행위 처벌규정을 분석하고, 다음으로 여객선 안전운항관리 방해행위의 법률기반 분석 및 안전운항관리 방해행위사례 실증연구를 통해 실태를 분석하여 내항여객선 안전운항관리의 문제점을 도출하고, 여객금지행위 위반, 직무상 지시(명령) 불이행, 직무집행방해금지 위반 등 각 교통분야별 안전운항(운행)관리 방해행위 처벌규정의 비판적 고찰을 통해 제약요인과 시사점을 도출하여 형사정책적 대응의 필요성을 제기하며, 직무집행방해행위에 대응하는 여객선 안전운항관리 방해 가중처벌의 검토 등 형사법적 법제 정비를 통한 여객선 안전운항관리 방해범죄에 대한 위하력 확보방안을 제시하고자 한다. 이 논문에서는 안전운항관리 종사자에게 폭행･협박･위력 등을 사용하여직무를 방해한 자는 철도, 항공, 자동차분야의 처벌규정과 같이 무겁게 처벌할 수 있도록 특정범죄가중법상 가중처벌 규정을 신설하도록 제안하였다.