평행좌표 플롯을 활용한 유전자발현 자료의 시각화

Applications of Parallel Coordinate Plots for Visualizing Gene Expression Data

유전자발현 자료로터 유용한 생물학적 정보를 얻기 위해 여러 시각화 방법이 개발되어 왔다. 본 논문에서는 평행좌표 플롯(parallel coordinate plot: PCP)을 이용하여 유전자발현 패턴을 찾아내어 표현하고자 하였다. 평행좌표 플롯의 두 변형인 ePCP(enhanced parallel coordinate plot)와 APCP(Andrews' type parallel coordinate plot)를 림포마(lymphoma) 자료에 적용하여 62개 샘플을 의미있게 배열하고 300개 유전자를 평활 곡선으로 표현하였다.

Visualization of the gene expression data on a low-dimensional graph is helpful in uncovering biological information contained in the data. In this study, we focus on two modified versions of the parallel coordinate plot. First one is the ePCP(enhanced parallel coordinate plot) which shows "near smooth" connecting curves between axes spaced proportionately to the proximity of re-ordered variables. Second one is APCP(Andrews' type parallel coordinate plot) which is obtained by rotating Andrews' plot that has a form of the parallel coordinate plot. Visualization procdures using ePCP and APCP are given for the lymphoma data case.