한국인 비증후군성 구순구개열 환자의 OFC1 유저자의 서열 분석

Sequencing analysis of the OFC1 gene on the nonsyndromic cleft lip and palate patient in Korean

비중후군성 구순구개열을 발생시키는 주요유전자로 추측이 되는 OFC1 유전자(위치: 염색체 6p24.3)의 한국인에서 나타나는 특성을 연구하였다. 3대에 걸쳐서 처음으로 비증후군성 구순구개열이 나타난 40 명의 환자(남자 20명, 여자 20명, 평균 나이 : 14.2 세)와 3 대에 걸쳐서 비증후군성 구순구개열을 포함한 어떤 선청성 기형도 나타나지 않았던 정상 성인 40명(남자 20명, 여자 20명, 평균 나이: 25.6.세)을 연구 대상으로 하였다, 중합효소 연쇄 반응법을 이용하여 OFC1 유전자를 분리 증폭한 후, 염기 서열 분석을 통해서 대립유전자형을 밝히고, BLAST 와 Pedant-Pro 데이터베이스를 이용하여 단백질의 상동성 검색을 수행햐였으며, 그 결과는 다음과 같았다. 1. OFC1 유전자는 ´CA´ 연쇄반복서열을 가진 극소위성 표지자로 밝혀졌다. 2. 환자군과 대조군의 OFC1 유전자의 특별한 차이는 발견되지 않았다. 3. 한국인에서 나타난 ´CA´ 연쇄반복의 수는 17회에서 26회로 다 양하게 나타났다. 4. ´CA´ 연쇄반복서열의 횟수에 따라서, 9가지의 대립유전자형이 발견되었으며, 나타나는 빈도는 환자군과 대조군에서 유사하였다. 5. ´ABI linkage map 2´의 ´CA´ 연쇄반복서열 사이의 염기서열 T 가 한국인에서는 C 로 치환되어 있었지만, ORF 예측을 하였을 때 예상되는 아미노산의 배열 차이는 관찰되지 않았다. 6. 한국인 OFC1 유전자의 염기서열로 예측되는 단백질을 알아 보기 위하여 BLAST 검색을 한 결과, Telomerase reverse transcriptase(TERT, locus 5p15.33, NCBI Genome Annotation ; NT023089)와 Nucleotide binding protin 2(NBP2, locus 17q22, NCBI Genome Annotation ; NT010783)가 유전자는 적어도 하나의 transmembrane region과 non-globular region을 가지는 구조로 밝혀졌다.

This study was performed to identify the characteristics of the OFCI gene (locus: chromosome 6p24.3) in Korean patients, which is assumed to be the major gene behind the nonsyndromic cleft lip and palate. The sample consisted of 80 subjects: 40 nonsyndromic cleft lip and palate patients (proband, 20 males and females, mean age 142 years) and 40 normal adults (20 males and 20 females, mean age 25.6 years). Using PCR-based assay, the OFCI gene was amplified, sequenced, and then searched for similar protein structures. Results were as follows: s 1. The OFCI gene contains the microsatellite marker ´CA´ repeats. The number of the reference ´CA´ repeats was 21 times, and formed as TA(CA)1ITA(CA)l0. But in Koreans, the number of tandem ´CA´ repeats was varied from 17 to 26 except 18, and ´CA´ repeats consisted of TA(CA)n. 2. Nine allelic variants were found. Distribution bf the OFCI allele was similar between the patients and control group. 3. There was a replacement of the base ´T´ to ´C´ after 11 tandem ´CA´ repeats in Koreans compared with Weissenbach´s report. However, the difference did not seem to be the ORF prediction results between Koreans and Weissenbach´s report. 4. The BLAST search results showed the Telomerase reverse transcriptase (TERT) and the Nucleotide binding protein 2 (NBP2) as similar proteins. The TERT was a protein product by the hTERT gene in the locus 5pl5.33 (NCBI Genome Annotation; NT023089). The NBP2 was a protein product by the ABCC3 (ATP-binding cassette, sub-family C) gene in the locus 17q22 (NCBI Genome Annotation; NT010783). 5. In the Pedant-Pro database analysis, the predictable protein structure of the OFCI gene had at least one transmembrane region and one non-globular region.